Depuis sa création en 1833, le Grand Orient de Belgique défend la franc-maçonnerie dans sa dimension « adogmatique et progressiste ». Elle ne peut donc être assimilée à une église ou tout autre structure proposant une pensée unique. Elle n’est pas plus un parti politique ou une organisation syndicale. Bien qu’ancrée dans le monde réel, elle n’est pas pour autant un centre laïque. Elle est fondamentalement attachée à la liberté d’opinion, la liberté de conscience et réfractaire à toute instrumentalisation ou contraintes extérieures. Force, Sagesse et Beauté / Liberté, Égalité, Fraternité

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jeudi 20 janvier 2022

Le grand mystère des mathématiques | Arte 11 août 2017


Le grand mystère des mathématiques
documentaire arte

Omniprésentes dans les sciences et les technologies, les mathématiques sont-elles une invention ou une découverte, une science propre à l’humanité ou le langage même de l'univers ? Une enquête vertigineuse et originale au coeur d'un débat fascinant qui dure depuis l'Antiquité.

Omniprésentes dans les sciences et les technologies, les mathématiques sont parvenues à décrypter les orbites elliptiques des planètes, à prédire la découverte du boson de Higgs ou à faire atterrir le robot Curiosity sur Mars. De tout temps, l’homme, en quête de cycles et de motifs, les a utilisées pour explorer le monde physique et pour comprendre les règles de la nature, du nombre de pétales de fleurs (répondant à des "suites") à la symétrie de notre corps. La réalité possède-t-elle une nature mathématique inhérente ou les mathématiques sont-elles des outils précieux créés par l’esprit humain ?

Voyage visuel

Depuis l’Antiquité grecque, leur universalité et leur efficacité ont nourri débats philosophiques et métaphysiques. Sur les traces de Pythagore (qui avait notamment établi des liens entre mathématiques et musique), Platon, Galilée, Newton ou Einstein, le film, ludique, sonde leur fascinant mystère et leur évolution au fil des siècles, en compagnie de Mario Livio, astrophysicien américain renommé, et de nombreux mathématiciens, physiciens et ingénieurs. Une enquête captivante, formidablement illustrée d’exemples, en même temps qu’un voyage visuel vertigineux. Entre construction neuronale et ordre cosmique, à la frontière de l’invention et de la découverte, les mathématiques, extraordinaire énigme, n’ont pas fini de révéler, d’anticiper et de surprendre.

vendredi 14 janvier 2022

∆∆∆ ∆∆∆ ∆∆∆ Pourquoi et comment Sapiens s’est-il imposé ? | France Culture 12 janv. 2022


Ces dernières années, l’histoire de Sapiens s’est faite plus précise. Les théories admises sur l'apparition de Sapiens sont débattues, nombre d’idées reçues battues en brèche et petit à petit, l’idée rassurante d’un Eden premier où serait subitement apparu l’homme moderne se trouve contrariée.

Le paléoanthropologue Jean-Jacques Hublin s'intéresse de près à l’apparition de Sapiens, mais aussi à la disparition de Néandertal et à d’autres groupe, comme le Dénisovien. Connu pour des découvertes majeures, notamment le plus ancien représentant connu de notre espèce au Maroc, il étudie une période durant laquelle l’homme moderne cohabitait avec d’autres Homo. Et tâche de répondre à une question : pourquoi et comment Sapiens s’est-il imposé ?

Était-il vraiment plus développé ? Ou simplement plus social ? D’ailleurs, comment doit-on le définir ? Un aspect physique, des capacités intellectuelles, la maîtrise de certaines technologies ou encore un régime alimentaire ? C’est à ces questions qu’il répond dans sa leçon inaugurale comme professeur titulaire au Collège de France “Homo sapiens, une espèce invasive”, le jeudi 13 janvier 2022.

Jean-Jacques Hublin, paléoanthropologue et directeur du département Évolution de l'homme de l'Institut Max-Planck d'anthropologie évolutionniste, était l'invité des Matins de France Culture le 11 janvier 2022.

mercredi 12 janvier 2022

∆∆∆ ∆∆∆ ∆∆∆ Quand la création raconte le sida ( Cliquer sur l'image ) | France culture 13/12/2021

Quand la création raconte le Sida
L'art des années sida de 1981 à 1996 est marqué par une dimension infiniment personnelle, tragiquement intime.

Une série documentaire de Didier Roth-Bettoni, réalisée par Nathalie Battus

À retrouver dans l'émission LSD, LA SÉRIE DOCUMENTAIRE par Perrine Kervran

TOUS LES ÉPISODES


>>> Dire sa vie et sa mort

Le sida a produit un art autofictionnel de l'intime


>>> Corps souffrants, corps combattants

La question de la représentation du Sida se pose pour les artistes.


>>> Traiter les traitements

L’arrivée des trithérapies en 1996 a changé la vie des séropositifs et des malades et entraîne des modifications profondes des représentations du sida....


>> Hanter les survivants

Les survivants de cette génération continuent le travail de deuil individuel et collectif

mardi 11 janvier 2022

Edward Jenner, inventeur du vaccin | France Culture 1 févr. 2021


Depuis la pandémie on parle de lui comme du possible sauveur de notre époque : le vaccin. Si Louis Pasteur l'a généralisé, c'est un médecin de campagne, Edward Jenner, qui en est à l'origine. Une découverte qui n'aurait pas été possible sans nos amies les vaches.

lundi 3 janvier 2022

∆∆∆ ∆∆∆ ∆∆∆ DERRIERE NOS ECRANS DE FUMEE (THE SOCIAL DILEMMA) sur NETFLIX | Mister Culture Critique & ANALYSE 16 sept. 2020


Voici la critique du nouveau documentaire original de Netflix "DERRIERE NOS ECRANS DE FUMEE"  (THE SOCIAL DILEMMA) qui porte un discours important sur les dérives provoquées par certains mécanismes des plateformes numériques et l'utilisation à outrance de leurs outils. 

Regardez Netflix sur votre TV.
Regardez Netflix sur votre Smart TV, PlayStation, Xbox, Chromecast, Apple TV, lecteurs Blu-ray et bien plus.


Le documentaire « The Social Dilemma »Savais-tu que les réseaux sociaux se battent pour avoir ton attention ?

Ben oui! Et c’est d’ailleurs un des aspects que montre le documentaire « The Social Dilemma » (« Derrière les écrans de fumée »). Sam-Éloi te fait un résumé de ce documentaire qui risque de te faire réfléchir sur ton utilisation des réseaux sociaux.

MISE À JOUR : le 2 octobre, Facebook a réagi au documentaire. « Nous devrions avoir des conversations sur l'impact des médias sociaux sur nos vies », a écrit le réseau social. Toutefois, il juge que le film exagère et il le juge trop critique envers Facebook. Dans sa réaction, Facebook mentionne sept éléments où le documentaire se trompe, selon lui. Par exemple, au sujet des fausses nouvelles. Facebook dit les combattre grâce à des partenaires qui sont là pour vérifier les faits.


Antivax - Les marchands de doute | ARTE 15 déc. 2021

Comment se propagent le refus de la vaccination contre le Covid-19 et les théories aussi fantaisistes que complotistes qui l’accompagnent ? Une incursion éclairante au coeur de la galaxie antivax, auprès de ses adeptes et de ses réseaux d’influence.

Alors que se déroule la plus grande campagne de vaccination de l’histoire, la contestation enfle partout dans le monde. Suscitant espoir mais aussi crainte et colère, les injections anti-Covid fracturent l'opinion. Victime de ses succès, qui rendent le danger moins tangible, critiquée pour ses effets secondaires, la vaccination, qui engage de manière intime la confiance des citoyens dans les institutions, s'est toujours attiré des adversaires. Reste que le mouvement antivax, ultraminoritaire, mais très actif, prospère aussi sous l’influence de personnalités parfaitement intéressées à qui la pandémie actuelle offre un tremplin. Figure de proue du mouvement, Andrew Wakefield, un gastro-entérologue britannique radié en 2010, s'est fait connaître par une étude frauduleuse, publiée dans "The Lancet" en 1998, établissant un lien entre le vaccin ROR (rougeole, oreillons, rubéole) et l’autisme. Le scandale qui a suivi va paradoxalement lui donner des ailes. Il quitte l’Angleterre pour les États-Unis, où il monte un business en exploitant les peurs liées à la vaccination. Aujourd'hui, Wakefield, devenu prospère jet-setteur, et ses pairs, comme le producteur Del Bigtree, surfent sur l’épidémie de Covid-19 et sèment la désinformation en propageant des théories complotistes sur les réseaux sociaux afin de faire basculer les hésitants dans le camp de l’opposition vaccinale systématique.

Propagande et récupération

Cette enquête au cœur du mouvement antivax, tournée entre les États-Unis, le Royaume-Uni, la France et l'Allemagne, lève le voile sur le commerce lucratif de traitements alternatifs dangereux, des levées de fonds au profit de causes douteuses, une redoutable machine de propagande et des partis extrémistes en embuscade. Un aréopage de scientifiques, lanceurs d’alerte ou journalistes, parmi lesquels Fiona Godlee, la rédactrice en chef du "British Medical Journal "qui a révélé l’imposture de Wakefield, apporte un regard critique sur ce mouvement. Le film fait aussi entendre les doutes de ceux qui, sans être complotistes, rejettent les vaccins, les accusant de causer plus de dommages qu’ils ne permettent d’en éviter, avec, en contrepoint, le témoignage d’une jeune femme restée paraplégique après une rougeole contre laquelle elle n’avait pas été vaccinée. Sans exprimer de ressentiment vis-à-vis de ses parents, elle indique néanmoins que "c’est trop bête de laisser le hasard choisir quand il y a des solutions".

Antivax - Les marchands de doute
Documentaire (France/Royaume-Uni, 2021, 1h30mn)

Qu'est-ce que la matrice ? ( Cliquer sur l'image ) | France culture 28/12/2021

À retrouver dans l'émission SANS OSER LE DEMANDER par Romain de Becdelièvre

Pilule bleue ou pilule rouge ? Réel ou virtuel ? Se rendormir ou suivre le lapin blanc ? Tout est une histoire de choix.

Matrix "le code vert"

Aujourd'hui on plonge dans la matrice avec Hugo Clémot, spécialiste de philosophie du cinéma, auteur de : Les Jeux philosophiques de la trilogie Matrix, en 2011 et Rafik Djoumi, journaliste culturel et auteur du hors-série Rockyrama Matrix Trilogy.

Soudain, sur un écran noir, on voit pleuvoir une, puis plusieurs lignes de codes en caractères verts et japonais. C'est le tout début d'un film qui est devenu plusieurs films, qui est devenu un monde et peut-être un mythe depuis deux décennies. c'est le tout début du film Matrix des sœurs Wachowski, dont la première mouture a été programmée en 1999 et dont un dernier avatar nous est parvenu la semaine dernière, avec un quatrième long-métrage intitulé "Résurrections". Mais quelle est cette matrice obsédante, fictive, branchée et paranoïaque ?

BIBLIOGRAPHIE

Les jeux philosophiques de la trilogie Matrix

Vrin, 2011

INTERVENANTS

Hugo Clémot, professeur agrégé de philosophie en lycée, et chercheur associé au laboratoire « Philosophies contemporaines » de l’université Paris 1 Panthéon-Sorbonne.

Rafik Djoumi, rédacteur en chef BITS (Arte).

dimanche 2 janvier 2022

Israël: premier cas recensé de double infection à la grippe et au coronavirus | i24news 02 janvier 2022

Un membre du personnel médical à l'unité
 coronavirus de l'hôpital Hadassah Ein Kerem
de Jérusalem, le 27 décembre 2021

La semaine dernière, Israël recensait 2.000 malades de la grippe hospitalisés

Israël a confirmé jeudi son premier cas de patient infecté par le Covid-19 et la grippe simultanément.

Les médecins de l'hôpital Beilinson dans le centre d'Israël ont indiqué que cette double infection, surnommée "flurona", avait été diagnostiquée chez une femme enceinte non-vaccinée qui présentait des symptômes bénins.

La patiente est sortie de l’hôpital jeudi, alors qu’elle se sentait bien. 

Tandis que certains affirment qu'il s'agit du premier cas de double infection recensé dans le monde, il semble que de tels cas aient déjà été observés aux Etats-Unis dès le printemps 2020, selon le Times of Israel.

Les responsables israéliens de la santé ont suggéré qu'il était probable que beaucoup d'autres personnes aient été infectées par les deux virus, sans avoir pour autant été diagnostiquées. 

Mercredi, le Centre israélien de contrôle des maladies a enregistré près de 2.000 patients atteints de grippe hospitalisés.

Face à ces chiffres, le ministère de la Santé a exhorté la population à se faire vacciner contre la grippe et le coronavirus afin d’éviter une surcharge de malades dans les hôpitaux. 

Il a par ailleurs souligné qu’il porterait une attention toute particulière aux cas de "flurona" pour déterminer si la combinaison des deux virus provoque des maladies plus graves.

La semaine dernière, une femme enceinte de 31 ans est décédée à Jérusalem après avoir contracté la grippe. Un enfant de six ans est également décédé dans son sommeil le mois dernier, en raison de complications liées à la grippe associées à des antécédents cardiaques.

samedi 1 janvier 2022

∆∆∆ ∆∆∆ ∆∆∆ Omicron science, good news ? | Dr. John Campbell 30 déc. 2021


New science explains South Africa's low rates of omicron severe disease

SARS-CoV-2 spike T cell responses induced upon vaccination or infection remain robust against Omicron

Institute of Infectious Disease and Molecular Medicine, University of Cape Town
 
SARS-CoV-2 Omicron variant has multiple Spike (S) protein mutations. These contribute to escape from the neutralizing antibody responses, reducing vaccine protection from infection.
We assessed the ability of T cells to react with Omicron spike.
In participants who were vaccinated with Ad26.CoV2.S (J and J) (n = 20) or BNT162b2 (Pfizer) (n = 15) or in unvaccinated convalescent COVID-19 patients (n = 15), SARS-CoV-2-specific T cells play a key role in modulating COVID-19 severity and provide protective immunity.

Results

70-80% of the CD4 and CD8 T cell response to spike was maintained across study groups.
The magnitude of Omicron cross-reactive T cells was similar to that of the Beta and Delta variants
These results demonstrate that, despite Omicron’s extensive mutations and reduced susceptibility to neutralizing antibodies, the majority of T cell response, induced by vaccination or natural infection, cross- recognises the variant.
 
Well-preserved T cell immunity to Omicron, is likely to contribute to protection from severe COVID-19, supporting early clinical observations from South Africa.
 
Further explanation

The limited effect of Omicron’s mutations on the T cell response suggests that vaccination or prior infection may still provide substantial protection from severe disease.
Indeed, South Africa has reported a lower risk of hospitalisation and severe disease compared to the previous Delta wave Cross-reactive T cell responses acquired through vaccination or infection may contribute to these apparent milder outcomes for Omicron.
The resilience of the T cell response demonstrated here also bodes well in the event that more highly mutated variants emerge in the future.

Covid-19 en France : le variant Omicron, une menace pour l'hôpital ? | FRANCE 24 30 déc. 2021


Avec le nombre de contaminations liées au Covid-19 qui explose dans le monde, le cap symbolique du million de nouveaux cas quotidiens a été franchi pour la première fois sur la semaine du 23 au 29 décembre.

jeudi 30 décembre 2021

Comment limiter la transmission aérienne du COVID ? | ScienceEtonnante 30 avr. 2021


La transmission du COVID par les aérosols obéit à des principes physiques que l'on peut analyser pour mieux lutter contre ce mode de contamination. [TL;DW : si le taux de CO2 dépasse 800ppm, ouvrez les fenêtres !]

The Omicron variant of SARS-CoV-2 may be significantly better than previous variants at evading vaccine-induced antibodies, according to new research from Cambridge – but preliminary evidence suggests it is less likely to cause severe COVID-19 illness in the lungs. ( Cliquer sur l'image ) 

mercredi 29 décembre 2021

Nos algorithmes pourraient-ils être BEAUCOUP plus rapides ? (P=NP ?) | ScienceEtonnante 17 juil. 2020


On parle d'un problème d'informatique théorique à 1 million de dollars, et même beaucoup plus si vous l'utilisez pour pirater les banques du monde entier ! Oserez-vous chercher un algorithme qui permette de trancher ?..


Écrit et réalisé par David Louapre © Science étonnante


Les théorèmes d'incomplétude de Gödel | Science étonnante 9 déc. 2016



En mathématiques, il existera toujours des choses vraies, mais indémontrables. Merci Kurt Gödel...

Écrit et réalisé par >>> David Louapre © Science étonnante

∆∆∆ ∆∆∆ ∆∆∆ Algorithmes ( Cliquer sur l'image ) | France culture 09/05/2019

Les algorithmes : aux origines d'une méthode
À retrouver dans l'émission LES CHEMINS DE LA PHILOSOPHIE par Adèle Van Reeth

TOUS LES ÉPISODES


>>> Aux origines d’une méthode

Les algorithmes prennent une place de plus en plus importante dans nos sociétés contemporaines, ils influent sur nos vies, nos comportements, mais que...


>>> L'intelligence artificielle a-t-elle du coeur ?

Les algorithmes envahissent tous les domaines : marché de l'emploi, Facebook, Google... Sont-ils dangereux ? Vont-ils remplacer l'humain ? Tomberons-nous...


>>> Internet a-t-il réinventé les règles du jeu politique ?

La révolution numérique a bouleversé la façon de faire de la politique. Dans le monde, certains partis populistes ont appris à manipuler les algorithmes,...


>>> Serons-nous bientôt jugés par des ordinateurs ?

Quels effets les algorithmes ont-ils sur la justice ? Comment le numérique a-t-il révolutionné notre langage et notre écriture, les liens qui structurent...

jeudi 23 décembre 2021

Vaccins : comment juger leur impact ? | Data Science ARTE 25 mars 2021


Les vaccins ont révolutionné la manière de traiter les épidémies. Mais comment vraiment juger de leur impact ?

Les vaccins ont révolutionné la manière de traiter les maladies: polio, tuberculose, rougeole, tétanos…  Aujourd’hui, pour vaincre la pandémie de Covid19, tous les espoirs sont mis dans les campagnes vaccinales. Mais comment juger de l’impact d’un vaccin ? On passe la question au microscope dans cet épisode de Data Science.

samedi 18 décembre 2021

Nathan Clumeck | L'Avenir 14 déc. 2021

Variant Omicron : un risque d’échappement immunitaire, par MARC GOZLAN | Le Monde 06 DÉCEMBRE 2021


Emplacement de la trentaine de mutations présentes
dans la protéine spike du variant Omicron (B.1.1.529)


















Le moins qu’on puisse dire est que le nouveau variant Omicron initialement détecté au Botswana et en Afrique du Sud inquiète les spécialistes. Une étude, publiée sous forme de preprint sur le site medRxiv, rapporte un risque accru de réinfection associé à ce nouveau variant du SARS-CoV-2. En d’autres termes, Omicron présenterait une capacité accrue à réinfecter des individus préalablement infectés. Selon les auteurs, le variant Omicron serait donc capable d’échappement immunitaire.

Durant la plus grande partie de l’étude, la couverture vaccinale était très faible en Afrique du Sud. Seulement environ un quart de la population sud-africaine (caractérisée par un âge médian de 27 ans) est d’ailleurs aujourd’hui complètement vaccinée. Les chercheurs sus-africains indiquent que le statut vaccinal des individus identifiés durant cette étude comme ayant développé une réinfection n’était pas connu. À noter par ailleurs que les réinfections suspectes n’ont pas été confirmées par le séquençage génomique.

Conduite par des chercheurs sud-africains, cette étude a consisté en une analyse rétrospective des données épidémiologiques. Son objectif était de déterminer si le risque d’être réinfecté par le SARS-CoV-2 avait changé au cours du temps en Afrique du Sud en fonction des variants Beta, Delta et depuis peu Omicron. Pour ce faire, Juilet Pulliam et ses collègues du South African Centre of Excellence in Epidemiological Modelling and Analysis (SACEMA) de l’université Stellenbosch ont utilisé les données des prélèvements recueillis entre le 4 mars 2020 et le 27 novembre 2021. Leurs résultats portent sur 2,79 millions d’individus ayant eu un résultat positif pour le SARS-CoV-2 au moins trois mois avant le 27 novembre 2021.

Les personnes ayant un résultat positif à au moins 90 jours d’intervalle d’un précédent test positif ont été considérées comme présentant une possible réinfection. Une période de 90 jours entre deux tests positifs réduit grandement la possibilité qu’un tel résultat puisse être dû à une excrétion prolongée du virus.

Signal d’échappement immunitaire au niveau populationnel

Les résultats montrent que le variant Omicron est clairement associé, à l’échelle populationnelle, à une capacité notable d’échapper au système immunitaire chez des individus préalablement infectés, ce qui se traduit par un risque accru de réinfection. Un tel risque de présenter une nouvelle infection après avoir déjà contracté le SARS-CoV-2 n’a en revanche pas été observé avec les variants Beta (ex-variant B.1.351 dit sud-africain) et Delta (ex-variant B.1.617.2 dit indien). Par conséquent, l’immunité développée vis-à-vis du variant Delta ne semble pas protéger d’une infection ultérieure par le nouveau variant Omicron. Il s’agit là d’une situation qui tranche singulièrement avec ce que l’on observe habituellement. On estime en effet qu’une infection pré-existante par le SARS-CoV-2 confère une protection d’au moins 80 % vis-à-vis du risque de réinfection à court terme.

L’étude des chercheurs sud-africains a utilisé deux méthodes différentes pour déterminer si le risque de réinfection avait changé depuis l’émergence des variants Beta, Delta et Omicron.

Le premier modèle repose sur l’hypothèse que le risque de réinfection encouru chez les personnes ayant déjà été diagnostiquées positives pour le SARS-CoV-2 est proportionnel à l’incidence de cas détectés et ne diverge pas avec le profil des réinfections observé avant l’émergence du variant Beta. Ce modèle (null model) permet donc d’identifier si le risque de réinfection s’est modifié au fil du temps.

Le second modèle a, quant à lui, consisté à rechercher si un changement est survenu quant au risque de présenter une réinfection par rapport à celui de présenter une infection, autrement dit à distinguer si l’émergence d’un variant se traduisait par un risque supplémentaire de réinfection imputable à un échappement  immunitaire potentiel.

Les données utilisées provenaient de deux sources émanant de l’Institut national des maladies transmissibles (National Institute for Communicable Diseases, NICD), en l’occurrence le système de surveillance des cas d’infection par le SARS-CoV-2 et la liste des tests diagnostiques séquentiels pour le SARS-CoV-2. Tous les tests positifs conduits en Afrique du Sud sont donc répertoriés dans ce jeu de données combinées. Cette étude constitue donc une analyse complète des cas suspects de réinfections à l’échelle du pays.

Les chercheurs ont ainsi identifié les tests positifs répétés ayant été réalisés chez une même personne, qu’ils correspondent à un test PCR ou antigénique. Un intervalle de temps d’au moins 90 jours entre deux tests positifs chez un même individu a permis de considérer qu’on était probablement en présence d’une seconde infection, c’est-à-dire d’une réinfection.

Au total, 35 670 cas de réinfections ont ainsi été identifiés en date du 27 novembre 2021. Il ressort que 332 individus ont présenté trois infections. Celles-ci sont pour la plupart survenues pendant les deuxième et troisième vagues, l’infection primaire ayant eu lieu lors de la première. Une personne a  même présenté quatre infections.

Les données montrent qu’aucun cas de réinfection n’a été détecté avant fin juin 2020. Ce n’est qu’ensuite qu’ils ont progressivement augmenté. Surtout, elles montrent que le plus grand nombre de réinfections survenues après le 31 octobre 2021 a été observé chez des individus dont la première infection remontait à la troisième vague. Celle-ci, dominée par le variant Delta, a connu un pic en juillet et s’est terminée en septembre 2021.

Les résultats montrent également que, depuis la mi-novembre, on observe des réinfections chez des individus dont la première infection remonte à la première vague (pic en janvier 2020, fin en septembre 2020, dominée par le variant Beta) et à la seconde vague (pic en janvier 2021, fin en février, dominée par le variant Delta).

Parmi les individus ayant eu plus d’une réinfection, environ 14 % ont présenté une troisième infection en novembre 2021, ce qui fait dire aux auteurs que ces cas sont associés à la transmission du variant Omicron.

Un nombre quotidien de réinfections en forte hausse

Les chercheurs soulignent avoir observé une nette augmentation des réinfections depuis début novembre 2021. Selon eux, cette déviation par rapport à la projection attendue selon le premier modèle statistique est « la signature d’un échappement immunitaire et la chronologie de cette déviation indique qu’elle est associée à l’émergence du variant Omicron ». Et d’ajouter qu’un profil similaire a été observé aussi bien dans la province de Gauteng qu’au niveau national. De plus, le taux quotidien élevé de réinfection dans la province de KwaZulu-Natal montre qu’un profil comparable est en train d’émerger. Les provinces de Gauteng et de KwaZulu-Natal sont le plus densément peuplées d’Afrique du Sud.

Une telle signature d’échappement immunitaire n’a en revanche pas encore été enregistrée dans le Cap occidental, province située dans le sud-ouest du pays. Les épidémiologistes s’attendent cependant à ce que ce profil apparaisse clairement dans toutes les provinces d’Afrique du Sud d’ici le milieu ou la fin du mois de décembre.

Le second modèle montre également une augmentation notable du risque de réinfection depuis début octobre par rapport au risque d’infection primaire. Ce changement est plus prononcé depuis début novembre. « Le timing de ces changements indique fortement que cela tient à l’émergence du variant Omicron », déclarent les auteurs.

Cette étude indique qu’en moyenne le risque de réinfection associé au variant Omicron était, entre le 1er novembre et le 27 novembre 2021, environ trois fois plus élevé que celui observé pendant la deuxième vague dominée par le variant Alpha et que celui enregistré pendant la troisième vague due au variant Delta*.

Même si les chercheurs sud-africains reconnaissent que l’ampleur des différentes vagues, la nature des variants, les stratégies des tests et la couverture vaccinale diffèrent selon les pays et ne sont pas forcément généralisables, ils soulignent que les données observées en termes de réinfection diffèrent ce que l’on observait avant l’émergence du variant Omicron. En effet, une récente méta-analyse, portant sur 11 études et couvrant la période janvier 2020-février 2021, faisait état d’un taux de réinfection inférieur à 1,1 %. De même, une étude sud-africaine avait rapporté un taux de protection de 84 % contre une infection durant la deuxième vague due au variant Beta, ce qui correspond à un niveau de protection comparable à celui observé par l’étude britannique SIREN.

Cette étude constitue, selon des chercheurs non impliqués dans ces recherches, le premier élément de preuve tangible qu’Omicron a la capacité de contourner l’immunité conférée par une infection antérieure par le SARS-CoV-2. La détection de ce signal clair d’échappement immunitaire au niveau populationnel en Afrique du Sud au début de l’émergence du variant Omicron, avant même l’obtention des premiers résultats concernant la capacité de neutralisation in vitro de ce nouveau variant par des anticorps, n’est pas de nature à rassurer.

Si l’étude sud-africaine publiée sur medRxiv montre qu’un échappement vis-à-vis de l’immunité naturelle est possible avec le nouveau variant Omicron, elle ne permet cependant de préjuger ce qu’il en est en matière d’immunité vaccinale, autrement dit de déterminer la sensibilité d’Omicron aux anticorps produits après vaccination.

En effet, on ne dispose pas encore de données observationnelles sur l’efficacité vaccinale vis-à-vis de ce nouveau variant. De même, les données de la sensibilité d’Omicron vis-à-vis d’anticorps monoclonaux commercialisés ou en développement ne sont pas encore disponibles. Enfin, certaines données préliminaires font état d’infections post-vaccinales (breakthrough infections), la plupart entraînant une forme clinique légère, chez des personnes ayant été vaccinées avec les produits de Johnson & Johnson, Pfizer et Astra Zeneca.

À cet égard, une étude américaine, publiée dans la revue Science le 2 décembre 2021, fournit de précieux renseignements sur les mutations possiblement impliquées dans l’échappement aux anticorps. Celles-ci sont situées dans le RBD (receptor binding-domain, domaine de liaison au récepteur). On rappelle que le RBD est la région de la protéine spike entrant en contact direct avec le récepteur cellulaire ACE2 qui sert de porte d’entrée au SARS-CoV-2 dans les cellules qu’il infecte.

Katherine Nabel, Jonathan Abraham et leurs collègues de la Harvard Medical School (Boston) soulignent que le motif RBD de la protéine spike présente une telle plasticité structurale qu’il peut tolérer une quantité impressionnante de mutations, ce que l’on observe effectivement dans le variant Omicron. Ces chercheurs ont introduit simultanément jusqu’à sept mutations dans le RBD, toutes impliquées dans l’échappement aux anticorps. Ils ont montré que ces pseudotypes, virus artificiellement porteurs à la surface de mutations de la protéine spike du SARS-CoV-2, sont plus résistants à la neutralisation par certains anticorps monoclonaux thérapeutiques. Il en est de même vis-à-vis du plasma de sujets Covid-19 convalescents.

Certaines des mutations introduites dans ces virus pseudotypés sont également présentes dans le variant Omicron, en particulier celles en position 484 (E484K), 417 (K417N) et 452 (L452R). Ces pseudotypes renferment également une délétion (perte de matériel génétique) dans le domaine NTD (N-terminal-domain, domaine amino-terminal) couvrant les résidus 141 à 144. Le variant Omicron possède, lui, une délétion NTD similaire aux positions 143 et 145.

Il apparaît qu’une seconde dose de vaccin à ARN messager (Pfizer ou Moderna) a permis d’obtenir une activité neutralisante contre ces pseudotypes contenant sept mutations dans le RBD, un moins grand nombre que ce qu’on observe cependant dans le variant Omicron.

Possibilité de transmissibilité accrue

Outre l’échappement immunitaire pouvant être à l’origine de réinfections, Omicron est également une source d’inquiétude en terme de transmissibilité. En effet, en Afrique du Sud, on dénombrait quotidiennement en moyenne 280 cas de Covid-19 la semaine précédant l’émergence de ce nouveau variant. Ce chiffre est passé à 800 cas par jour la semaine suivante, possiblement du fait d’une surveillance accrue. Dans le pays, le 25 novembre, le nombre de nouveaux cas de Covid-19 s’élevait à plus de 2 000 par jour.

Les cas de Covid-19 augmentent rapidement dans la province du Gauteng, avec un taux de reproduction effectif Rt (nombre moyen d’infections secondaires produites par un cas infecté) estimé à la fin novembre par certains chercheurs à 2,5, voire atteignant 3,8. Il semble raisonnable de considérer qu’Omicron est associé en Afrique du Sud à un Rt compris entre 3 et 3,5, estime Trevor Bedford, chercheur au Fred Hutchinson Cancer Research Center (Seattle), soit un doublement par rapport au Rt initial (1,5) du variant Delta en Afrique du Sud et aux États-Unis.

Évolution des cas d’infection par le SARS-CoV-2 lors des quatre vagues
en Afrique du Sud : incidence et temps de doublement. Trait vert : explosion
des cas lors de la quatrième vague. Abdool Karim S, Abdool Karim Q. Lancet.
December 2, 2021.

De fait, le temps de doublement lors de cette quatrième vague (1,2 jour) est plus élevé que lors des trois vagues précédentes en Afrique du Sud, où il était respectivement de 1,5 jour, 1,7 jour et 1,3 jour.

Bien que les données immunologiques et cliniques ne soient pas encore disponibles pour conclure définitivement en termes de transmissibilité et d’échappement immunitaire, on peut toutefois extrapoler à partir de ce que l’on sait des mutations portées par Omicron pour disposer d’indications préliminaires, estiment les épidémiologistes sud-africains Salim Abdool Karim et Quarraisha Abdool Karim dans une correspondance parue le 2 décembre dans The Lancet. Et de souligner que parmi la trentaine de mutations d’Omicron, plusieurs (69–70del, T95I, G142D/143–145del, K417N, T478K, N501Y, N655Y, N679K, P681H) sont également rencontrées dans les variants Alpha, Beta, Delta. « On sait que ces délétions et mutations entraînent une transmissibilité accrue, une plus forte affinité de liaison [au récepteur] et un échappement immunitaire plus élevé », déclarent-ils. De plus, « certaines autres mutations confèrent également une transmissibilité accrue », ajoutent-ils, soulignant cependant que l’on ignore l’impact de la plupart des autres mutations et donc de la résultante en termes de comportement du virus et de sa sensibilité aux vaccins.

« Bien qu’Omicron soit susceptible d’être hautement transmissible, il n’est pas encore clair si sa transmissibilité est plus importante que celle de Delta, et ce malgré le fait que des données préliminaires suggèrent qu’il se répand rapidement, dans un contexte de transmission continue du variant Delta et de niveaux élevés d’immunité naturelle au variant Delta. Si cette tendance se poursuit, Omicron devrait supplanter Delta en tant que variant dominant en Afrique du Sud », poursuivent-ils.

Il faudra évidemment attendre pour déterminer si Omicron se transmet plus facilement et échappe aux anticorps plus rapidement que les autres variants, et par conséquent si ce nouveau variant peut effectivement entraîner un plus grand nombre de réinfections et d’infections post-vaccinales (breakthrough infections).

Menée par des chercheurs sud-africains et internationaux, une analyse sélective des mutations portées par Omicron, publiée le 5 décembre 2021 sur le site virological.org, conclut que ce nouveau variant renferme « des changements favorisant une transmission accrue, un échappement immunitaire ou une augmentation de la réplication virale – au niveau populationnel, individuel ou de groupes d’individus infectés de façon chronique – et a potentiellement acquis une nouvelle fonctionnalité ».

En tout état de cause, l’ampleur de la diffusion d’Omicron au niveau mondial dépendra sans doute à la fois de l’importance de la population sensible et du niveau d’échappement immunitaire associé à ce variant. Sans attendre de disposer de résultats consolidés et fiables sur la transmissibilité et l’efficacité des vaccins et des anticorps monoclonaux, il importe de souligner l’importance des gestes barrières. Ces  mesures dites non pharmaceutiques (port du masque, distanciation physique, aération des espaces clos, hygiène des mains), déjà efficaces contre les précédents variants, devraient l’être aussi vis-à-vis d’Omicron.

À ce jour, ce nouveau variant a été détecté dans 38 pays. La première séquence génomique d’Omicron, provenant d’un prélèvement réalisé au Botswana, a été rapportée le 11 novembre 2021. Le premier cas d’infection par ce nouveau variant a été identifié en Afrique du Sud le 9 novembre. Il n’y a même pas un mois.

>>> Marc Gozlan (Suivez-moi sur Twitter, Facebook, LinkedIn)

* En Afrique du Sud, le HR (hazard ratio) relatif de réinfection pendant la deuxième vague, dominée par le variant Beta, était de 0,75 [IC95%: 0,59-0,97] versus la première vague. Il était de 0,71 [IC95%: 0,56-0,92] versus la troisième vague dominée par le variant Delta. Enfin, il a été estimé pendant la période entre le 1er et le 27 novembre 2021 de 2,39 [IC95%: 1,88-3,11] versus la première vague.

Pour en savoir plus :

Pulliam JRC, van Schalkwyk C, Govender N. Increased risk of SARS-CoV-2 reinfection associated with emergence of the Omicron variant in South Africa. medRxiv. Posted December 02, 2021. doi: 10.1101/2021.11.11.21266068

Martin DP, Lytras S, Lucaci AG, et al. Selection analysis identifies significant mutational changes in Omicron that are likely to influence both antibody neutralization and Spike function (Part 1). (Part 2) virological.org.

Nabel KG, Clark SA, Shankar S, et al. Structural basis for continued antibody evasion by the SARS-CoV-2 receptor binding domain. Science. 2021 Dec 2:eabl6251. doi: 10.1126/science.abl6251

Abdool Karim S, Abdool Karim Q. Omicron SARS-CoV-2 variant: a new chapter in the COVID-19 pandemic. Lancet. Published online December 2, 2021. doi: 10.1016/S0140-6736(21)02758-6 

Hall VJ, Foulkes S, Charlett A, et al; SIREN Study Group. SARS-CoV-2 infection rates of antibody-positive compared with antibody-negative health-care workers in England: a large, multicentre, prospective cohort study (SIREN). Lancet. 2021 Apr 17;397(10283):1459-1469. doi: 10.1016/S0140-6736(21)00675-9

Hansen CH, Michlmayr D, Gubbels SM, et al. Assessment of protection against reinfection with SARS-CoV-2 among 4 million PCR-tested individuals in Denmark in 2020: a population-level observational study. Lancet. 2021 Mar 27;397(10280):1204-1212. doi: 10.1016/S0140-6736(21)00575-4

Liu C, Ginn HM, Dejnirattisai W, Supasa P, et al. Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B.1.617 by vaccine and convalescent serum. Cell. 2021 Aug 5;184(16):4220-4236.e13. doi: 10.1016/j.cell.2021.06.020

O Murchu E, Byrne P, Carty PG, et al. Quantifying the risk of SARS-CoV-2 reinfection over time. Rev Med Virol. 2021 May 27:e2260. doi: 10.1002/rmv.2260

Cohen C, Kleynhans J, von Gottberg A, et al. SARS-CoV-2 incidence, transmission and reinfection in a rural and an urban setting: results of the PHIRST-C cohort study, South Africa, 2020-2021. medRxiv. Posted December 04, 2021. doi: 10.1101/2021.07.20.21260855 

>>> Covid-19 : ce qu’on sait et ce qu’on ignore sur le nouveau variant Omicron (B.1.1.529)

Omicron : que sait-on vraiment ? | #cdanslair 15.12.2021


"Aucun variant du virus qui donne le Covid-19 ne s'est jusqu'à présent propagé aussi rapidement qu'Omicron. Il se trouve probablement dans la plupart des pays même s'il n'a pas encore été détecté", a alerté hier l'Organisation mondiale de la santé (OMS), évoquant également une "potentielle" résistance aux vaccins. Face à ce constat et à l'approche des fêtes de fin d'année, l'organisation a appelé à utiliser tous les outils anti-Covid pour éviter que les systèmes de santé ne soient rapidement submergés. Vu l'actuelle progression rapide des cas, "la science nous dit que nous devons nous attendre à ce que Omicron soit déjà le nouveau variant dominant en Europe à la mi-janvier", a déclaré, par ailleurs, Ursula von der Leyen, la présidente de la Commission européenne.

En France, où 170 cas de variant Omicron ont pour l’instant été recensés, le Premier ministre a estimé qu’il fallait "se préparer, car les variants finissent toujours par s’imposer". Et l’objectif est clair : accélérer le rappel vaccinal alors que le nombre des admissions de patients Covid dans les hôpitaux ne cesse d’augmenter et que le plan blanc a déjà été réactivé dans sept régions. "La pression va continuer à s'accentuer à l'hôpital dans les prochaines semaines", a d’ailleurs déjà prévenu le porte-parole du gouvernement à la sortie du Conseil des ministres, ce mercredi, soulignant que le taux d'incidence "dépasse les 500" depuis deux jours en France, soit "le record du plus haut taux d'incidence mesuré dans notre pays", et que le nombre de patients en réanimation devrait atteindre les 4 000 "autour des fêtes". Gabriel Attal a également indiqué qu'il pourrait y avoir "de nouvelles décisions d'ici la fin de la semaine".

De son côté, le ministre de la Santé s’est voulu rassurant sur l'efficacité des vaccins face au variant Omicron après la publication d’études réalisées en Afrique du Sud et au Royaume-Uni. "Si la vaccination deux doses est peut-être un peu moins efficace, elle reste quand même très efficace au moins à 70 % sur les cas graves et avec le rappel - les trois doses - nous avons toutes les raisons d'espérer que les Français restent protégés dans la durée" a-t-il expliqué.

Dans les établissements hospitaliers, la pression se fait plus forte : on dénombre désormais plus 14 000 malades du Covid-19, dont 2602 en soins critiques selon les données de Santé publique France. Et le nombre de faux vaccinés n’est désormais pas marginal, notamment dans le Sud-Est alertent des chefs de services de réanimation inquiets et pour certains en colère. Alors combien sont-ils en soins critiques faussement vaccinés ? Depuis, le décès la semaine dernière à Garches d’une mère de famille de 57 ans qui n’avait pas dit que son passe sanitaire était faux, la question est posée. 400 enquêtes sont actuellement ouvertes pour démanteler les réseaux qui les fournissent tandis qu’à l’hôpital les médecins rappellent que le défaut d’information met en péril la bonne prise en charge des malades dès leur arrivée à l'hôpital. Car mentir sur son statut vaccinal, c'est se priver de l'administration précoce de traitements comme les anticorps monoclonaux. C’est aussi fausser les données sur l’efficacité des vaccins.
Des passes qui ne sont plus valables à partir d’aujourd’hui pour les personnes de plus de 65 ans qui n’ont pas fait leur dose de rappel dans les temps. C’est aussi à partir de ce mercredi que les enfants de moins de 11 ans "à risque" peuvent se faire vacciner.

Transmissibilité, résistance au vaccin, dangerosité… que sait-on sur le variant Omicron ? La France doit-elle, elle aussi, s’attendre à un "raz-de-marée" ? Quelle est la situation dans les hôpitaux ? Combien de faux vaccinés en soins critiques ?

Invités :
  •  Patrick Pelloux, médecin-urgentiste au Samu de Paris, président de l'Association des médecins urgentistes de France (AMUF)
  •  Nicolas Berrod, journaliste au journal - Le Parisien
  •  Christine Rouzioux, professeur émérite de virologie à la faculté de Médecine Necker
  •  Bertrand Guidet, chef du service de Médecine Intensive Réanimation à l’hôpital Saint-Antoine à Paris
ÉDITORIAL Le Monde

Pour faire face à la cinquième vague de la pandémie et à la menace du variant Omicron, la société doit transcender ses divisions et résister au sentiment d’une épreuve sans fin.

mercredi 24 novembre 2021

Des virologues néerlandais mettent en garde : "Le variant Delta se propage également via les personnes vaccinées " !

Les hôpitaux néerlandais ont constaté une forte augmentation du pourcentage de leurs employés complètement vaccinés qui sont testées positifs au coronavirus. Cela s'expliquerait par la contagiosité du variant Delta.

Des virologues néerlandais mettent en garde : "Le variant Delta se propage également via les personnes vaccinées" 20-07-2021 

Bien que complètement vacciné, il est toujours possible d'être infecté par le Covid-19. Les virologues l'ont déjà répété à de nombreuses reprises. D'où l'importance de continuer à respecter certaines mesures sanitaires. Il semble que le variant Delta de par sa contagiosité élevée est propice à ce phénomène. C'est en tout cas ce que constatent des virologues néerlandais en observant les chiffres du personnel hospitalier, rapporte le Volkskrant. Le nombre d'employés complètement vaccinés qui sont testés positifs au coronavirus a en effet augmenté fortement aux Pays-Bas. Au LUMC (Leiden University Medical Center) 85% de tous les employés confirmés positifs ont été entièrement vaccinés. Au Radboud UMC (Nimègue), 34 cas ont été récemment déclarés.

"L'idée qu'on avait au départ, qu'on ne transmet plus le virus après la vaccination, ne semble pas vraie pour le variant delta. Nous voyons même des personnes qui ont déjà eu une infection, ont été vaccinées deux fois et sont à nouveau testées positives", souligne ainsi le virologue clinicien Matthijs Welkers (Amsterdam UMC), auprès du quotidien néerlandais.

Bien que la vaccination prémunit contre les formes les plus sévères de la maladie, le variant Delta engendrerait un nombre très élevé de particules virales, jusqu'à mille fois plus que dans la variante originale, selon le microbiologiste Heiman Wertheim (Radboud UMC).

"En raison de son grand nombre, le virus brise la défense pour ainsi dire", explique l'expert, qui a été lui-même confirmé positif récemment, avant de conclure, "il s'agit d'un moteur silencieux de l'épidémie".

>>> QUELLE CONTAGIOSITÉ POUR LES PERSONNES VACCINÉES INFECTÉES PAR LE VARIANT DELTA ?

dimanche 21 novembre 2021

L’histoire revisitée du virus pandémique grippal de 2009, par Hervé Morin | Le Monde 16 novembre 2021

Une équipe internationale a reconstitué les mutations qui ont permis à un des ancêtres de ce virus, passé des oiseaux aux porcs, d’évoluer vers une plus grande transmissibilité, avant de contribuer au passage à l’homme.

En avril 2009, quand un nouveau virus AH1N1 a semblé pouvoir engendrer une pandémie similaire à la grippe espagnole de 1918, les chercheurs s’étaient étonnés d’une combinaison inédite de fragments d’ARN d’origine aviaire, porcine et humaine dans son génome. 

Même s’il n’a pas été aussi meurtrier qu’on l’avait redouté, son apparition continue à susciter des recherches, comme en témoigne une étude publiée le 7 novembre dans Nature Microbiology. Hui-Ling Yen (université de Hongkong) et ses collègues ont inoculé à des porcelets des virus porcins d’origine aviaire isolés en Europe entre 1979 et 2011, pour voir à quel moment et par quels mécanismes ils étaient devenus très transmissibles chez le porc. Ils ont aussi créé des virus présentant les étapes successives supposées de ces évolutions. Et ont constaté qu’une période de faible transmission dans les élevages aurait pu être mise à profit pour prévenir le passage à l’homme, si une surveillance adéquate avait existé.

Hervé Morin